AlgoSB 2019 – Mathematical and Computational Methods for Structured RiboNucleic Acids
AlgoSB 2019 – Méthodes mathématiques et informatiques pour les Acides RiboNucléiques structurés
14 – 18 January 2019
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Scientific Committee
Comité scientifique Frédéric Cazals (INRIA Sophia-Antipolis) |
Organizing Committee
Comité d’organisation Yann Ponty (CNRS/Ecole polytechnique) Contact: algosb2019@sciencesconf.org |
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The proposed School is the 6th instalment of the successful AlgoSB series, whose broad goal is to bring together worldwide experts in computer science, applied mathematics, computational biology/chemistry and biophysics in the context of outstanding biological problems. AlgoSB welcomes professors and participants from countries around the world. The 2019 edition will be focused on the established field of RNA bioinformatics.
This winter school will bring together scientists from bioinformatics, mathematics, physics and computer science, to disseminate best practices, share multidisciplinary perspectives and expose the audience to open, well-defined, algorithmic and mathematical questions on this versatile biopolymer. In keeping with the tradition established by the AlgoSB series, our program will dedicate each day to a specific subtopic in RNA Bioinformatics, and will alternate lectures and practical exercises. Morning sessions will be dedicated to lectures introducing the theoretical foundations of each topic, introducing key-concepts, theories and algorithms in the context of modern biology. An introductory lecture will be followed by two advanced lectures on more focused topics, both mandatory. The afternoon sessions will be dedicated to practical coursework on personal laptops. |
L’école proposée est le sixième volet de la série à succès AlgoSB, dont l’objectif général est de réunir des experts mondiaux en informatique, en mathématiques appliquées, en biologie/chimie computationnelle et en biophysique dans le contexte des problèmes biologiques en suspens. AlgoSB accueille des professeurs et des participants du monde entier. L’édition 2019 sera axée sur le domaine établi de la bioinformatique des ARN.
Cette école d’hiver réunira des scientifiques de la bioinformatique, des mathématiques, de la physique et de l’informatique pour diffuser les meilleures pratiques, partager des perspectives multidisciplinaires et exposer le public à des questions ouvertes, bien définies, algorithmiques et mathématiques sur ce biopolymère versatile. Conformément à la tradition établie par la série AlgoSB, notre programme consacrera chaque jour à un sous-thème spécifique de la bioinformatique des ARN, et alternera conférences et exercices pratiques. Les sessions du matin seront consacrées à des conférences présentant les fondements théoriques de chaque sujet, introduisant les concepts clés, les théories et les algorithmes dans le contexte de la biologie moderne. Une conférence d’introduction sera suivie de deux conférences avancées sur des sujets plus ciblés, toutes deux obligatoires. Les séances de l’après-midi seront consacrées à des travaux pratiques sur des ordinateurs portables personnels. |
Frédéric Cazals (Inria Sophia Antipolis / Université Côte d’Azur) – Conformational sampling and energy landscapes (slides)
Isaure Chauvot de Beauchene (LORIA Université de Lorraine) – Predicting RNA-protein interactions (slides)
Juan Cortés (CNRS/LAAS, Toulouse) – Conformational sampling and energy landscapes (slides)
Sven Findeiß (University of Leipzig) – RNA design in theory and practice (slides) (tutorial) [hands-on files] – VIDEO –
Ivo Hofacker (University of Vienna) Foundations of RNA 2D structure prediction (slides) RNA KInetics (slides) – VIDEO –
Ronny Lorenz (University of Vienna) – Advanced thermodynamics-based predictions – VIDEO –
Samuela Pasquali (Université Paris-Descartes) – Coarse-grained molecular dynamics for RNA [hands-on files]
Charles Robert (CNRS/ Université Paris-Diderot) – Conformational sampling and energy landscapes (slides)
Andrea Tanzer (University of Vienna) – RNA structure: Why it actually matters to biology
Sebastian Will (University of Vienna) – Simultaneous folding and alignment of RNA families (slides) [hands-on files] – VIDEO (part 1) – VIDEO (part 2)
A short Tutorial on RNA Bioinformatics The ViennaRNA Package and related Programs (tutorial)
 Ecole thématique
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