Scientific Commitee
Comité scientifique
Madalena Chaves (INRIA Université Côte d’Azur)
Tomas Gedeon (Montana State University)
Pedro Monteiro (University of Porto)
Élisabeth Remy (CNRS, Aix-Marseille Université)
Heike Siebert (FU Berlin)
Denis Thieffry (ENS – Paris)
Organizing Commitee
Comité d’organisation
Élisabeth Remy (CNRS, Aix-Marseille Université)
Denis Thieffry (ENS – Paris)
This international workshop addresses a critical need within the systems biology community: given the explosion of pan-genomic and multimodal data being generated, new mathematical and computational frameworks are essential to fully exploit these data for building predictive models. The workshop will focus on modular approaches, which offer innovative solutions to the challenges posed by increasing biological complexity—enabling model composition and integration across multiple scales (signaling, gene regulation, metabolism, and cellular/tissue dynamics). By bringing together approximately 30 international experts in mathematics, computer science, and computational biology in an interactive working group format, this initiative aims to develop new methods and standards aligned with FAIR principles of open science. The expected impact is significant, with concrete applications in personalized medicine, therapeutic development, and oncology that directly address emerging community challenges.
Ce workshop international répond à un besoin identifié au sein de la communauté de biologie des systèmes : face à l’explosion des données pangénomiques et multimodales générées, il est nécessaire de développer de nouveaux cadres mathématiques et computationnels permettant d’exploiter pleinement ces données pour construire des modèles prédictifs. Un focus sera mis sur les approches modulaires, qui proposent des solutions innovantes aux défis posés par la complexité croissante des systèmes biologiques en permettant la composition et l’intégration de modèles à différentes échelles (signalisation, régulation génique, métabolisme, dynamiques cellulaires et tissulaires). En réunissant une trentaine d’experts internationaux issus des mathématiques, de l’informatique et de la biologie computationnelle dans un format groupe de travail favorisant les échanges interdisciplinaires, cette initiative vise à faire émerger de nouvelles méthodes et standards conformes aux principes FAIR de science ouverte. Les retombées attendues sont significatives avec des applications concrètes en médecine personnalisée, développement thérapeutique et oncologie, qui répondent directement aux problématiques émergentes dans la communauté.
SPEAKERS
Julien Blohm (Université de Montpellier) Evolution of the cell transcriptome during differentiation
Victoria Bruning (Institut Curie, Paris) From single-cell time series data to Boolean model simulations : a framework to model multiple cell states transitions in Chronic Lymphocytic Leukemia
Laurence Calzone (Institut Curie, Paris) Mathematical modelling of the tumour microenvironment with a hybrid approach
Madalena Chaves (Centre Inria d’Université Côte d’Azur) Analysis of the dynamics of two coupled circadian clocks for comparison of freerunning and coupled systems periods
Adrien Fauré (Montpellier) Path graphs, mirror states and functional circuits in asynchronous Boolean networks
Jérôme Feret (Inria Paris)
Tomas Gedeon (Montana State University) How well do the Boolean models capture continuous dynamics of regulatory networks?
Leon Glass (McGill University) Robust Dynamics in Genetic Networks
Filipe Gouveia (University of Lisbon) ModRev – Repairing inconsistent Boolean logical models of Biological Regulatory Networks
Joël Herrera (CRCT, Université de Toulouse) Spatial multiomics as a foundation for spatially informed gene regulatory network inference in Cancer
Florence Janody (I3S Porto) From bench to computational modelling and back: what we as biologists bring to the table
Pedro Monteiro (ULisboa) Multicellular logical model composition with EpiLog
Saran Pankaew (Institut Curie, Paris) AstroLogics : A simulation-based framework for the analysis of monotonous Boolean model ensembles
Samuel Pastva (Masaryk University) Dynamically consistent mergers of Boolean models within the PSBN framework
Loïc Paulevé (CNRS, LaBRI Bordeaux) Data-driven inference and control of ensembles of Boolean networks
Élisabeth Remy (CNRS, Aix-Marseille Université)
Pamela Romero (INRAE & Université de Tours) Computational modeling of biased signaling in G protein-coupled receptors
Patricia Roxo (Aix-Marseille Université & ENS Paris)
Paul Ruet (CNRS, Université Paris Cité)
David Šafránek (Masaryk University) From Boolean Models Inference to Control and Back
Heike Siebert (Kiel University)
Anne Siegel (CNRS, IRISA, Université de Rennes 1) Modelling and inferring the regulatory mechanisms that control metabolism: progress and challenges
Denis Thieffry (ENS – Paris) Scientific adventures with Claudine
Jan Tietgen (CAU Kiel) Comparison of discrete modelling methods for biological neural networks
Laurent Tournier (INRAE Jouy-en-Josas) Global sensitivity indices to help analyze Boolean models of biological regulatory networks
SPONSORS
